Střevní mikrobiota ovlivňuje vývoj a aktivitu imunitní odpovědi a její poruchy jsou spojeny s řadou zánětlivých a nádorových onemocnění. Zároveň je však možné střevní mikrobiotu ovlivnit změnou stravy, podáním antibiotik nebo probiotik a nebo přesunem celého mikrobního společenstva fekální bakterioterapií. Všechny tyto zásahy se tak jeví jako zajímavý způsob modulace imunitního systému, přestože mechanismy jejich vlivu na fungování slizniční a systémové imunity nejsou zatím bezezbytku prozkoumány. Porucha složení či funkce střevní mikrobioty, tzv. dysbióza, může vést jednak k porušení bariérové funkce střeva, a následnou poruchou metabolismu, k přílišné regulaci imunitní odpovědi s následkem infekce, ale i k nedostatečné regulaci a rozvoji zánětu. Navíc, zásah do imunitního systému střeva může ovlivnit patologické procesy ve vzdálených orgánech. Pokud pochopíme mechanismy, kterými se tento vztah řídí, budeme moci pomocí komenzálních mikrobů ladit reaktivitu imunitního systému a tak ovlivnit průběh a možná i vznik řady závažných chorob.